净化车间的布局不仅要方便各生产环节的连接，还要方便加工过程的卫生控制，防止生产过程中的交叉污染。食品加工过程基本上是从原材料到半成品到成品的过程，即从非清洁到清洁的过程。所以，加工车间的生产原则上要按产品加工的顺序排列，产品加工从洁净过渡到洁净过渡，加工过程不允许交叉、倒流。

清洁区与非清洁区之间应采取相应的隔离措施，控制人流和物流，避免交叉污染，通过传输窗口传递加工产品。在车间适当的地方，设置工具清洗、消毒室，配备工具清洗、消毒清洗槽、消毒槽、漂洗槽，必要时供应冷热水，热水温度不低于82℃。